Полученные результаты помогут исследователям лучше понять, как развиваются штаммы вируса, и помогут выявить новые кластеры вируса.
Анализ глобальных данных по опубликованным последовательностям генома этого нового коронавируса поможет быстро понять наше понимание этой сложной болезни.
Исследователи разработали новую платформу визуализации, опирающуюся на алгоритмы биоинформатики, первоначально использовавшиеся для анализа генома человека, чтобы выявить различия между тысячами генетических последовательностей вируса SARS-CoV-2.
Генеральный директор CSIRO доктор Ларри Маршалл сказал, что знание генетического кода жизненно важно.
«Чем больше мы знаем об этом вирусе, тем лучше мы будем с ним бороться», — сказал доктор Маршалл.
«Этот чрезвычайно сложный анализ последовательности генома вируса SARS-CoV-2 уже помог определить, какие штаммы вируса пригодны для тестирования вакцин, проводимых в Австралийском центре по обеспечению готовности к болезням в Джилонге — единственном учреждении с высоким уровнем биосодержания из его вид в южном полушарии«.
Руководитель группы по биоинформатике CSIRO д-р Денис Бауэр сказал, что по мере развития вируса этот план становится все более важным, поскольку он содержит инструкции о поведении вируса и о том, какое заболевание он может вызвать.
«В настоящее время в мире существует огромное количество отдельных вирусных последовательностей», — сказал доктор Бауэр, который также является почетным доцентом в Университете Маккуори, Австралия.
«Оценка эволюционного расстояния между этими точками данных и его визуализация помогает исследователям узнать о различных штаммах вируса, в том числе о том, откуда они произошли и как они продолжают развиваться».
Руководитель группы по опасным патогенам CSIRO, профессор С.С. Васан, который возглавляет исследования на вирусы SARS-CoV-2 и проводит исследования по оценке вакцин и является соответствующим автором статьи, сказал, что первые 181 опубликованных последовательностей генома из текущей вспышки COVID-19 были проанализированы для того, чтобы понять, как изменения в вирусе могут повлиять на его поведение и влияние.
«Ожидается, что этот РНК-вирус превратится в ряд отдельных кластеров, которые имеют общие мутации, что мы и подтвердили и визуализировали», — сказал профессор Васан, который является почетным председателем в Университете Йорк, Великобритания.
«В настоящее время мы не ожидаем, что это повлияет на разработку и оценку вакцин COVID-19, методов лечения и диагностики, но это важная информация для мониторинга по мере развития доклинических и клинических исследований».
«Чтобы сделать это, мы призываем международное исследовательское сообщество поделиться неопознанными деталями тяжести и исхода заболевания, а также другими соответствующими метаданными, такими как сопутствующие заболевания и статус курения, наряду с геномными последовательностями вируса».
Генеральный директор австралийского исследовательского центра электронного здравоохранения CSIRO Дэвид Хансен сказал, что работа показывает важность взаимного сотрудничества между установленными и появляющимися дисциплинами биоинформатики, геномики, вакцинологии и вирусологии.
«Следование научному процессу рецензируемой открытой публикации, такой как эта, является жизненно важным компонентом ответа CSIRO»., — говорит Доктор Хансен.
«Преимущество платформы визуализации данных заключается в том, что она выделяет развивающиеся генетические мутации вируса, поскольку он продолжает изменяться и адаптироваться к новым условиям», — сказал доктор Бауэр, который является первым автором этой статьи.
«Чем больше мы информированы о генетических различиях и их вероятных последствиях для прогрессирования заболевания, тем лучше мы сможем справиться с болезнью с помощью диагностики и лечения».