Х. Шабир Али из Отдела молекулярной паразитологии и иммунологии в CSIR-Центральном научно-исследовательском институте лекарственных средств, в Лакхнау, Уттарпрадеш, Индия, и П. Праджош и К. Сриджит из Отдела биотехнологии и микробиологии Университета Каннура, штат Керала, и М. Дивья Лакшманан из Отдела молекулярной биологии Исследовательского центра Енепоя в Енепое (считается Университетом), в Дералакатте, Мангалор, объясняют, что ключевой компонент неструктурного белка 12, nsp12, из коронавирус является основной мишенью для фармацевтического вмешательства при лечении COVID-19.
Команда провела компьютерные эксперименты с известным антибиотиком широкого спектра действия Каннурином против вируса. Они объясняют, что циклическая форма этого препарата взаимодействует с аминокислотными остатками Phe 407, Leu 544 и Lys 511, которые присутствуют в поддомене «палец» белка nsp12. Именно это взаимодействие блокирует естественное связывание кофакторов nsp7 и nsp8 и, таким образом, ингибирует и в конечном счете инактивирует вирусную активность и репликацию.
Команда также определила дополнительный способ действия, связанный с тем, который используется известным противовирусным препаратом Ремдесивиром, для липопептида. Второй механизм включает взаимодействие с аминокислотным остатком Arg 555 в полости поддомена вирусного белка «ладонь» и линейной формой каннурина. Двойной режим действия вполне может предложить более мощную атаку на вирус. Важно отметить, что с точки зрения противовирусных механизмов Каннурин не действует как аналог природного нуклеотида для выполнения своей блокирующей задачи. Действительно, Каннурин также обладает свойствами поверхностно-активного вещества и может нарушать клеточные мембраны, что означает, что он может препятствовать первоначальному прикреплению вируса к клеткам организма и, таким образом, блокировать проникновение, поэтому этот препарат, по сути, оказывает тройную атаку на вирус.
«Мы предполагаем, что биомолекулы, такие как липопептиды, предлагают огромные возможности модификации структуры, чтобы сделать их подходящими терапевтическими кандидатами, особенно в контексте такой пандемии, как COVID-19, — пишет команда. — Таким образом, этот подход может помочь нам справиться с угрозой пандемии, когда появится еще один новый коронавирус и медицине потребуются новые фармацевтические методы лечения до разработки подходящей и широко доступной вакцины. Настоящее лекарственное средство, Каннурин, является прототипом этого подхода».