Анализы с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) могут идентифицировать вирусный генетический материал, взятый из мазков из носоглотки, чтобы отличить людей, которые в настоящее время инфицированы, от тех, кто не инфицирован. Устройства бокового потока предназначены для идентификации либо антител в образцах крови для определения прошлой инфекции, либо для идентификации специфических эпитопов коронавируса 2 тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV-2) для определения текущей инфекции.
Исследователи включили в исследование 239 участников. Затем они были разделены на пять групп в зависимости от их статуса вакцинации и истории инфекции. Пятьдесят человек были разделены на три различные группы – невакцинированные, неинфицированные , инфицированные и невакцинированные и неинфицированные и вакцинированные, в то время как 66 человек были инфицированы и затем вакцинированы и 23 вакцинированы и затем инфицированы.
Инфекция была подтверждена с помощью ПЦР-тестирования или серологического выявления антител против RBD во время сдачи крови. Большинство случаев были легкими, и, как правило, ~5% в каждой группе проявляли тяжелые симптомы. Вакцинированные лица были классифицированы как те, кто получил две дозы либо вакцины BNT162b2, либо вакцины мРНК-1273.
Чтобы определить реактивность Т-клеток против SARS-CoV-2, исследователи разработали пулы эпитопов на основе экспериментально определенных эпитопов, основанных на не-спайковых последовательностях протеома. Мегаполисы CD4RE и CD8RE (MP) состояли из 274/621 пептида, соответственно, и пул эпитопов, полученных из EBV, использовался в качестве контроля специфичности.
Для оценки реактивности Т-клеток использовали анализы маркеров, индуцированных активацией (AIM). Как и ожидалось, у всех выздоравливающих/вакцинированных лиц наблюдались специфические CD4+ Т-клеточные реакции SARS-CoV-2. Несколько более удивительно, что 50% неинфицированных, невакцинированных людей показали то же самое. Аналогичные реакции наблюдались, когда данные были представлены либо в виде абсолютной величины, либо в виде индекса стимуляции. Как правило, лица, которые не подвергались воздействию, демонстрировали более низкую реактивность, чем те, кто подвергался воздействию, причем лица, которые были как инфицированы, так и вакцинированы, также демонстрировали большую реактивность, чем лица, которые были либо вакцинированы, либо инфицированы. Ответы CD4RE также могут отличать выздоравливающих субъектов, как вакцинированных, так и невакцинированных, от неэкспонированных и вакцинированных субъектов.
Специфические для SARS-CoV-2 ответы CD8+ Т-клеток были обнаружены во всех группах, которые исследовали исследователи, причем почти все выздоравливающие/вакцинированные лица показали ответы, и около четверти не выздоравливающих невакцинированных лиц ответили. Еще раз, неэкспонированные субъекты могли быть легко идентифицированы по значительно более низким ответам, и специфические для спайка ответы показали очень похожие результаты. Коммерчески доступный гамма-анализ IFN также использовался для оценки ответов CD4+ и CD8+ Т-клеток, который показал, что как инфицированные, так и вакцинированные люди имели устойчивые ответы на спайк, CD4RE и CD8RE.
После этого исследователи продолжили исследование теста, сравнив конкретные ответы каждой группы на определенные эпитопы. Наконец, исследователи суммировали общую точность, объединив людей, которые были инфицированы и вакцинированы, в одну группу, независимо от того, какое событие произошло первым. Когда они были объединены, схема классификации показала уровень точности 86,6% при измерении в зависимости от абсолютной величины. Они сохранили высокую специфичность для каждой отдельной группы, что еще больше подтвердило схему.
Авторы подчеркивают, что они успешно и точно классифицировали субъектов с различными историями вакцинации и инфекций с точностью до 90%. Хотя это не первое явление, это первая простая стратегия анализа, которая может сделать это путем классификации ответов Т-клеток. Этот подход позволяет идентифицировать воздействие SARS-CoV-2 даже у вакцинированных лиц, что может быть очень важным в будущих исследованиях вакцинации, а также иметь значение для исследований бессимптомных и прорывных инфекций.