В новом исследовании, опубликованном на сервере препринтов medRxiv, исследователи обнаружили, что вариант омикрона SARS-CoV-2 демонстрирует гораздо более широкое избавление от иммунитета, вызванного вакциной. В настоящем исследовании ученые оценили способность плазмы, взятой у вакцинированных участников, нейтрализовать вариант Омикрона по сравнению с вирусом D614G, используя анализ нейтрализации живого вируса. Они также исследовали, должен ли вариант Омикрона по-прежнему связываться с рецептором ACE2 для заражения клеток-хозяев, сообщает News-Medical.
Исследователи использовали подтвержденный последовательностью живой изолят вируса Омикрона и клон линии клеток легких человека (H1299-ACE2), экспрессирующий рецептор ACE2, для тестирования нейтрализации вируса. Они также протестировали рост вирусного изолята в родительских клетках H1299, которые не экспрессируют ACE2 и не заражаются SARS-CoV-2.
В общей сложности в исследование были включены образцы плазмы крови 14 участников, госпитализированных с инфекцией SARS-CoV-2, подтвержденной методом полимеразной цепной реакции (ПЦР), и/или вакцинированные лица, являющиеся частью проспективного когортного исследования, проведенного Комитетом по этике биомедицинских исследований Университета КваЗулу–Натал. Из этих 14 участников шестеро не имели в анамнезе инфекции SARS-CoV-2, что подтверждается отсутствием нуклеокапсидных антител, обнаруженных в их образцах плазмы. Для двух из этих участников исследователи использовали образцы из двух временных точек. Остальные шесть участников были инфицированы наследственным вирусом D614G во время первой волны инфекции SARS-CoV-2 в Южной Африке.
Исследователи подготовили индексированные библиотеки геномной ДНК с парным концом и нормализованные, объединенные и денатурированные библиотеки секвенирования, прежде чем добавить 1% PhiX. Затем исследователи выровняли сопоставленные считывания с эталонными последовательностями в начальной сборке из Genome Detective, а затем отфильтровали низкокачественные мутации.
Данные о нейтрализации оценивали по формуле Tx=1/1+(D/ID50), где Tx-количество очагов, нормализованное к числу очагов в отсутствие плазмы на пластине при разведении D. Для сравнения, ID50-это разведение плазмы, обеспечивающее нейтрализацию 50%. FRNT50 = 1/ID50-это обратная величина разведения плазмы, необходимого для 50% — ного сокращения числа очагов инфекции.
Результаты исследования показывают, что Омикрон заразил клетки, экспрессирующие ACE2, но не заразил родительские клетки H1299, что указывает на то, что его способность избежать нейтрализации антител, вызванная вакциной против рибонуклеиновой кислоты (мРНК)-мессенджера Pfizer BNT162b2, зависит от уровней концентрации ACE2, и ACE2 необходим для проникновения Омикрона и установления инфекции Для вируса D614G средний геометрический титр (GMT) FRNT50 составил 1321, и эти образцы сильно нейтрализовали вирус D614G. Для варианта Omicron GMT для тех же образцов составлял 32, что указывает на 41-кратное снижение FRNT50.
Однако пять из ранее инфицированных участников показали относительно высокие титры нейтрализации против Омикрона, что указывает на то, что иммунный побег был неполным. Сравнительно, предыдущие данные подтвердили, что бета-вариант показал значительный иммунный побег от BNT162b2 в анализе нейтрализации живого вируса с почти 3-кратным снижением FRNT50.
«Результаты исследования показывают, что новый вариант омикрона SARS-CoV-2 широко избегает нейтрализации, вызванной вакциной; однако побег был неполным у участников, у которых было более высокое значение FRNT50 от предыдущей инфекции. Таким образом, ожидается, что более ранняя инфекция, за которой следует вакцинация или бустерная доза вакцины, повысит уровень нейтрализации и обеспечит защиту от тяжелого заболевания, вызванного инфекцией омикрона SARS-CoV-2», — сообщают ученые.