Myodes glareolus, или банковая полевка, — широко распространенный вид грызунов в Европе. Кроме того, они являются хорошо известными хозяевами многочисленных зоонозных патогенов, таких как Francisella tularensis и Puumala orthohantavirus. В ходе предыдущих исследований были идентифицированы различные бетаки и альфаки из Myodes glareolus в Соединенном Королевстве (Великобритания), Польше, Франции и Германии. Следовательно, вид Myodes glareolus, вероятно, является мощным резервуаром для КОВ.
В рамках текущего исследования ученые провели виромическое исследование шведских банковских полевок, собранных в шведском городе Гримсе. Команда сообщила о двух последовательностях генома, Grimso215 и Grimso2306, нового бетакова под названием вирус Гримсо, описала их эволюционную связь с другими КОВ грызунов, а также их распространенность в течение трех лет.
Образцы, полученные от Myodes glareolus в период с 2015 по 2017 год был проведен скрининг на КОВ с использованием собственного теста полимеразной цепной реакции (ПЦР) и опубликованного теста pan-CoV обратной транскриптазы-ПЦР (ОТ-ПЦР). Частичные последовательности генов спайков были получены из образцов методом секвенирования по Сэнгеру. Затем частичные последовательности S-генов были подвергнуты попарным генетическим исследованиям. Частичные последовательности генов вируса Гримсо были дополнительно проанализированы с использованием байесовской филогении. Генетический анализ был проведен для определения эволюционной связи вируса Гримсо с другими КОВ, обнаруженными у грызунов.
Результаты показывают, что из образцов, собранных из 266 Myodes glareolus, девять были положительными на новый CoV в соответствии с внутренним ПЦР-тестом. Из девяти положительных образцов вируса Гримсо частичные последовательности гена S были собраны из семи образцов.
Секвенирование РНК образцов Grimso2306 и Grimso215 выявило почти полную CoV-последовательность и полноразмерную CoV-последовательность соответственно. Штаммы Grimso215 и Grimso2305 были связаны с известным разнообразием грызунов Betacovirus и установили уникальную линию внутри подрода Embecovirus, согласно филогенетическим исследованиям, основанным на последовательностях генов N, S и ORF1b.
Результаты исследования продемонстрировали новый и очень разнообразный эмбековирус, названный вирусом Гримсо, в шведском Myodes glareolus. Парные генетические исследования, проведенные в ходе исследования, показали, что частичные последовательности Grimso2306 и Grimso215 имеют общую идентичность последовательностей 94-100% и 98-100% на аминокислотном и нуклеотидном уровнях соответственно. Интересно, что последовательности вируса Гримсо демонстрировали менее 50% и менее 60% сходства последовательностей с другими бетаками грызунов на аминокислотном и нуклеотидном уровнях соответственно.
Кроме того, последовательности вируса Гримсо образуют уникальную монофилетическую группу, которая группируется с другими эмбековирусами, переносимыми грызунами, с надежной статистической поддержкой.
В совокупности полученные данные указывают на то, что различные различные гримсо-подобные вирусы совместно циркулируют у видов береговых полевок, хотя для углубленного понимания экологии их передачи требуются дополнительные исследования. Кроме того, исследование показало, что близкородственные КОВ широко распространены по всей Европе и связаны исключительно с Myodes glareolus и другими видами полевок, что позволяет предположить, что банковские полевки, вероятно, являются естественными хозяевами вируса Гримсо. Этот вывод также указывает на давние отношения между хозяином и вирусом.
Настоящие результаты подчеркивают важность долгосрочного наблюдения за CoVs у диких грызунов для получения глубокого понимания экологии CoVs в популяциях водохранилищ. Тем не менее потенциальное воздействие вируса Гримсо на здоровье животных и человека остается неизвестным.