Хотя считается, что высокий уровень насыщенных жиров может привести к повышению уровня холестерина и увеличению риска сердечно-сосудистых заболеваний, некоторые исследования показывают, что сыр обладает так называемым «матричным эффектом», который частично нейтрализует вредное воздействие насыщенных жиров.
Способ приготовления сыра, включая использование фермента химозина для свертывания молока, влияет на то, как он усваивается организмом. Исследование 2017 года показало, что жир из сливочного сыра усваивается быстрее, чем из чеддера. Кроме того, в 2018 году ученые обнаружили, что при употреблении сыра уровень холестерина был значительно ниже, чем при употреблении его отдельных компонентов.